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IMEC的ELPrep软件加速了基因组测序分析

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序列分析

纳米电子学和数字技术的创新者IMEC,Leuven比利时最近推出了ElPrep 4.0,该公司最新版本的软件工具,用于加速人类DNA测序分析。

根据IMEC的说法,ELPrep 4.0将整个基因组和外显子加工管道加速一个数量级,节省了一个典型的实验室数百小时的计算机处理时间,并有助于更快地完成更多的DNA测试。ELPrep4.0的设计是为了替代基因组分析工具包中定义的用于变体调用的最佳实践管道中的准备步骤。同时提供相同的结果。

DNA测序涉及将人类基因组分割成数千个片段,然后喂给测序仪以识别基因组的个别碱基。这个过程会产生大量的数据文件,这些文件通过一系列工具进行处理,以重建原始的DNA序列,并找出可能导致遗传疾病的变异。人类全基因组DNA的数据集通常是几百千兆字节的未压缩数据,导致每个基因组的典型处理时间为数十小时。

ELPrep4.0执行所有DNA测序的准备步骤,直至变体调用。可替代GATK 4.0等DNA测序分析软件。皮卡德SAMtools同时产生相同的结果。ELPrep软件的体系结构使其能够仅通过一次数据传递来执行分析管道,不管管道有多长。

ElPrep被设计成一个完全在内存中运行的多线程应用程序,避免重复的文件输入/输出,合并了几个DNA测序准备步骤的数据计算。在一次典型的跑步中,Imec说,ElPrep软件比使用相同资源的其他软件工具快10倍。yabo体育苹果下载地址

更多信息,参观IMEC.

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